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Per effetto delle nuove disposizioni introdotte dalla Legge 244/2007, gli Uffici giudiziari militari si distinguono (a decorrere dal luglio 2008) in Organi giudicanti (Corte militare d'Appello, 3 Tribunali militari e Tribunale militare di sorveglianza) e in Organi requirenti (Procura generale militare presso la Suprema Corte di Cassazione; Procura generale presso la Corte militare d'Appello e 3 Procure militari presso i Tribunali militari). In particolare, si è provveduto alla soppressione di numerosi uffici di primo e secondo grado nonché alla riduzione sia dell’organico della Magistratura militare (con conseguente transito dei magistrati militari in esubero nei ruoli della magistratura ordinaria) che del numero dei componenti del C.M.M. (Consiglio della Magistratura militare). 

• Il Ministro della Difesa ha, rispetto ai magistrati militari ed al Consiglio della Magistratura militare (C.M.M.), le medesime attribuzioni che spettano al Ministro della Giustizia rispetto al Consiglio Superiore della Magistratura (C.S.M.), e ai magistrati ordinari.

• Al vertice della struttura vi è il “Consiglio della Magistratura militare“ presieduto di diritto dal primo Presidente della Corte di Cassazione.
• Fanno parte del Consiglio il “Procuratore Generale militare presso la Suprema Corte di Cassazione“, quattro componenti eletti tra i magistrati militari, un componente estraneo alla magistratura militare - scelto di intesa tra i due presidenti delle Camere fra professori ordinari di materie giuridiche ed avvocati con almeno 15 anni di esercizio professionale - che assume le funzioni di vice-presidente . Gli uffici giudiziari hanno al loro vertice la “Procura generale militare presso la Suprema Corte di Cassazione”. 
• In Roma ha sede la “Corte Militare di Appello“ e la “Procura Generale Militare“ nonché il “Tribunale Militare di Sorveglianza“.
• La funzione giurisdizionale militare di 1° grado è devoluta ai Tribunali Militari di Verona, di Roma e di Napoli. 
• Presso ogni Tribunale Militare è istituito un Ufficio del giudice per le indagini preliminari (G.I.P.) ed un Ufficio del giudice per l'udienza preliminare (G.U.P.) nonché la Procura Militare della Repubblica.

► Il Tribunale militare e la Procura militare di Roma mantengono la competenza sui reati militari commessi all'estero.