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Nata come Agenzia nazionale per la Protezione Ambientale (ANPA), a seguito della riorganizzazione dei controlli ambientali del 1993 è stata soggetta negli ultimi anni ad una profonda riorganizzazione cambiando denominazione APAT – Agenzia per la Protezione dell’Ambiente e per i servizi Tecnici e  fondendosi con il Dipartimento per i Servizi tecnici nazionali della Presidenza del Consiglio dei Ministri con il quale già collaborava.

L'APAT svolge i compiti e le attività tecnico-scientifiche di interesse nazionale per la protezione dell'ambiente, per la tutela delle risorse idriche e della difesa del suolo. L'Agenzia ha autonomia tecnico-scientifica e finanziaria ed è sottoposta ai poteri di indirizzo e vigilanza del Ministero dell’Ambiente e della Tutela del territorio e del mare ed al controllo della Corte dei Conti. L'APAT opera sulla base di un programma triennale, aggiornato annualmente, che determina obiettivi, priorità e risorse, in attuazione delle direttive del Ministero dell'Ambiente. Nei settori di propria competenza, l'APAT svolge attività di collaborazione, consulenza, servizio e supporto alle altre pubbliche Amministrazioni, definite con apposite convenzioni. Entrata a far parte della Rete nel 2004, partecipa ai lavori del Gruppo di Lavoro Obiettivo “Monitoraggio Ambientale”.

Sono Organi dell'APAT il Presidente, il Consiglio di Amministrazione, il Collegio dei revisori. La gestione tecnico scientifica è attribuita al Direttore generale, il quale dirige la struttura dell’Agenzia ed è responsabile dell'attuazione delle deliberazioni del Consiglio di Amministrazione. La struttura organizzativa dell’APAT si articola in Dipartimenti, Servizi interdipartimentali e Servizi alle dirette dipendenze della Presidenza e della Direzione. Al fine di promuovere lo sviluppo coordinato del sistema nazionale dei controlli in materia ambientale è inoltre istituito, presso l’Agenzia, il Consiglio federale, attualmente presieduto dal Presidente dell’APAT e composto dai legali rappresentanti delle ARPA/APPA, con la partecipazione di un delegato dalla Conferenza dei Presidenti delle Regioni.