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Lo Stato costiero ha, nelle acque interne, l'incontestabile diritto di disciplinare, nel modo che ritiene più opportuno, determinate materie quali la "polizia della navigazione in senso stretto", cioè assegnazione di ormeggi, movimento di navi, imbarco e sbarco di merci e passeggeri, operazioni doganali e sanitarie.
Le navi straniere devono uniformarsi e, nel caso che un comandante di nave straniera voglia esperire un'azione legale a difesa degli interessi della sua nave, lo dovrà fare secondo le norme procedurali dello Stato costiero.

Specifiche attività sono riservate ai cittadini ed alle navi nazionali. Non solo pertanto il cabotaggio e la pesca ma anche tutto ciò che la "Convenzione di Losanna del 1923", sul commercio, definisce servizi dei porti e cioè: rimorchio, pilotaggio e simili. Comunque i servizi interni, pur liberamente organizzati dallo Stato costiero, devono basarsi sul principio dell'uguaglianza di trattamento verso tutte le bandiere.

L'esercizio della "competenza giurisdizionale" è la più alta manifestazione della sovranità dello Stato costiero. Tale competenza assume naturalmente diversa pratica attuazione a seconda che sia esercitata nei riguardi di «navi da guerra» o nei confronti di «navi mercantili».
Sulle acque marittime interne, lo Stato costiero esercita in modo pieno ed incondizionato la propria sovranità, in modo identico al territorio terrestre. Le acque interne sono perciò "precluse" al cosiddetto «diritto di passaggio inoffensivo» ed il loro attraversamento comporta necessariamente l’autorizzazione dello Stato costiero, eccezion fatta per i gravi casi di pericolo o di forza maggiore.

Unica deroga a questo regime si ha laddove, per effetto del tracciamento di linee di base rette, determinate aree, precedentemente classificate come “acque territoriali”, sono invece diventate “acque interne”: in tal caso, infatti, continuerà ad essere valido il preesistente diritto di passaggio inoffensivo (art. 8.2 Cnudm).

Transito attraverso l’Arcipelago toscano e Isole Pontine

La ragione di tale regola è da ricercare nella salvaguardia degli interessi della navigazione marittima internazionale, poiché il riconoscimento della possibilità di ricorrere al sistema delle linee rette da parte degli Stati costieri non deve incidere sul diritto di utilizzare storiche vie di navigazione (è il caso, per quanto riguarda l’Italia, dell’Arcipelago toscano o delle Isole Pontine).
In virtù dell’art. 11 Cnudm., sotto il regime delle acque interne vengono a trovarsi le acque portuali.