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Le zone di particolare valore naturalistico da destinare ad Aree Marine Protette, le cosiddette aree di reperimento, sono individuate dalla legge 31 dicembre 1982 n. 979 (sulla difesa del mare) e dalla legge 6 dicembre 1991 n. 394 e successive modificazioni e integrazioni (legge quadro sulle aree protette) che dettano anche le procedure per l'istituzione delle stesse aree marine.

Le Aree Marine Protette sono istituite con apposito provvedimento che prevede la determinazione delle aree marittime e di demanio marittimo costituenti la superficie delle aree stesse; le finalità di carattere scientifico, culturale, economico ed educativo per la cui realizzazione è istituita l'area protetta; i programmi di studio e di ricerca scientifica nonché di valorizzazione da attuarsi nell'ambito dell'area; la regolamentazione dell'Area Marina Protetta con la specificazione delle attività oggetto di divieto o di particolari limitazioni o autorizzazioni.

Le riserve marine protette oltre ad aver ricevuto un inquadramento giuridico dalle Leggi 979/ 82 e 394/91, hanno contemporaneamente acquisito quell’indispensabile linfa a che vengano alla luce e successivamente siano portate avanti attraverso permanenti e adeguate risorse umane, economiche ed amministrative. Con il dettato sulle disposizioni per la difesa del mare, furono individuate ben 20 aree di reperimento. Successivamente talune furono portate a 46 con la Legge 394/91, quale “Legge quadro sulle aree protette”; tuttavia, allo stato attuale, le riserve marine effettivamente istituite sono 30 (compreso il Santuario dei mammiferi marini).

L’iter istitutivo prevede, infatti, che nell’ambito di dette aree, il Ministero dell’Ambiente, coadiuvato dalla Direzione generale per la protezione della natura (ex Servizio Difesa Mare) e dalla Segreteria tecnica per le Aree Marine Protette, avvalendosi inoltre di istituti scientifici, laboratori e centri di ricerca, effettui dapprima uno studio che porti ad una dettagliata ed approfondita conoscenza dell’ambiente naturale d’interesse. In un secondo momento, gli esperti della Segreteria tecnica avviano l’istruttoria istitutiva, fermo restando l’acquisizione di essenziali pareri tecnico – economici da parte di enti e comunità locali; talvolta risulta rilevante supportarli con sopralluoghi specificatamente mirati agli scopi da perseguire. Ultimate queste fasi, si provvede ulteriormente all’acquisizione dei pareri della Regione e degli enti locali interessati dall’istituenda area marina protetta al fine di ottenere un concreto ed armonico consenso locale. Non ultima, infine, risulta l’acquisizione del parere della Conferenza Unificata in merito allo schema di Decreto Ministeriale. Ultimata anche quest’ultima fase, il Ministro dell’Ambiente, sentito il Ministro dell’Economia, procede all’effettiva istituzione dell’area marina protetta, autorizzando anche il finanziamento per far fronte alle prime spese attinenti e necessarie all’istituzione, secondo quanto previsto dalle Leggi 394/91 e 93/01. Importante aspetto dell’iter è poi la suddivisione in zone diverse in relazione alle caratteristiche ambientali, in quanto esiste la necessità improcrastinabile di assegnare un differente regime di tutela tenendo conto delle diverse attività presenti.

Le 30 Aree Marine Protette istituite al 31 dicembre 2010 sono le seguenti:

• LIGURIA :

1. CINQUE TERRE
2. ISOLA DI BERGEGGI
3. PORTOFINO

• TOSCANA :

1. SECCHE DELLA MELORIA

• LAZIO :

1. SECCHE DI TOR PATERNO
2. ISOLE DI VENTOTENE E SANTO STEFANO  

• CAMPANIA :

1. PUNTA CAMPANELLA
2. BAIA (PARCO SOMMERSO)
3. COSTA DEGLI INFRESCHI DELLA MASSETA
4. GAIOLA (PARCO SOMMERSO)
5. REGNO DI NETTUNO
6. SANTA MARIA DI CASTELLABATE

• PUGLIA :

1. PORTO CESAREO
2. TORRE GUACETO
3.  ISOLE TREMITI

• CALABRIA :

1.  CAPO RIZZUTO

• ABRUZZO :

1. TORRE DEL CERRANO

• FRIULI VENEZIA GIULIA :

1. MIRAMARE

• SICILIA :

1. ISOLE EGADI
2. ISOLE PELAGIE (LAMPEDUSA, LINOSA, LAMPIONE)
3. PLEMMIRIO
4. CAPO GALLO - ISOLA DELLE FEMMINE
5. ISOLA DI USTICA
6. ISOLE CICLOPI

• SARDEGNA :

1. CAPO CACCIA - ISOLA PIANA
2. CAPO CARBONARA
3. ISOLA DELL'ASINARA
4. PENISOLA DEL SINIS - ISOLA DI MAL DI VENTRE
5. TAVOLARA - PUNTA CODA CAVALLO

A tali aree occorre aggiungere 2 parchi nazionali (l'Arcipelago Toscano e l'Arcipelago di La Maddalena) che presentano perimetrazioni a mare.

Parco nazionale - Arcipelago di La Maddalena Spiaggia di "Cala Andreani" Isola di Caprera

Tali zone sono identificate con A, B e C.

• la zona A è una zona di riserva integrale
• la zona B è una zona di riserva generale
• la zona C è una zona di riserva parziale

I diversi divieti vengono di volta in volta individuati dal decreto istitutivo, tenendo conto delle realtà locali, con il quale si provvede a stabilire i limiti e le modalità di segnalamento marittimo.