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Le attività del Corpo delle Capitaneria di porto non si limitano soltanto alla superficie del mare ed al sovrastante spazio aereo, ma si estendono anche al settore subacqueo.
Avendo oramai consolidata l’esperienza nelle attività subacquee e riconoscendo, nel contempo, la necessità di procedere ad una diffusione dei "Reparti operativi subacquei" stessi, sono stati istituiti, in ordine di tempo, 5 Nuclei Operatori Subacquei delle Capitanerie di Porto-Guardia Costiera nelle sedi di

1. San Benedetto del Tronto (1° Nucleo Operativo Subacquei - gennaio del 1995);
2. Napoli (2° Nucleo Operativo Subacqueo con sede presso la Direzione Marittima - dicembre d 1998);
3. Messina (3° Nucleo Operativo Subacquei presso il Reparto supporto navale - luglio 2005).
4. Cagliari (4° Nucleo Operativo Subacquei - giugno 2008)
5. Genova (5 Nucleo Operativo Subacquei - luglio 2009).

Attualmente la componente subacquea si avvale di 37 operatori di ogni ruolo e grado, ai quali si aggiungono 5 infermieri specializzati in fisiopatologie subacquee. Tali operatori sono in possesso del “brevetto militare per sommozatori” rilasciato dal Comando Subacquei ed Incursori della Marina Militare. Il brevetto abilita gli operatori ad effettuare "immersioni ad aria entro i 40 metri" e "ad ossigeno entro i 12 metri" di profondità

• La componente subacquea assolve diverse funzioni che possono raggrupparsi, sinteticamente, nelle seguenti:

1. Vigilanza sulle aree marine protette di interesse storico, artistico o archeologico;
2. Vigilanza e controllo delle riserve marine protette;
3. Ricerca e soccorso della vita umana;
4. Vigilanza e controllo sull’esercizio della pesca marittima con particolare riferimento alla miticoltura e della pesca subacquea professionale e sportiva/ricreativa;;
5. Rilevamento e monitoraggio del grado di inquinamento delle acque marine,
6. Prelevamento di campioni biologici e concorso nelle ricerche subacquee di interesse scientifico connesse con lo studio dei fondali, della fauna e della flora marine;
7. Controlli ed ispezioni di navi, piattaforme, cavi e condotte sottomarine;
8. Lavori e piccoli interventi alle carene delle Unità navali del Corpo;
9. Sistemazione nonché rimozione di corpi morti, catenarie, boe e gavitelli in ambito portuale;
10. Concorso in campagne di ricerca, localizzazione, recupero di materiale sommerso di interesse archeologico;
11. Azioni di polizia giudiziaria e marittima autonoma o in concorso di altri Corpi di Polizia intese alla prevenzione e repressione di attività illecite svolte nel mare territoriale;
12. Ispezioni e rilevamenti fotografici di infrastrutture subacquee;
13. Assistenza a gare e campionati sportivi.

I Nuclei operativi subacquei sono dotati di attrezzature individuali e di reparto di ultima generazione tra cui il veicolo subacqueo a controllo remoto, il «ROV» (Remote Operate Vehicle)^[1] , denominato “Prometeo”, con finalità principalmente investigative.
Il “Prometeo” è un vettore di telecamere con capacità secondarie di prelievo di campioni. La struttura è in acciaio inox, con 4 motori elettrici, molto leggero e di piccole dimensioni. Tali caratteristiche permettono al ROV di operare fino a 300 metri di profondità e consentono agli operatori di condurre indagini “mirate” che non comportano la necessità di eseguire lunghi percorsi di ricerca in un’ampia area, quali verifiche su relitti ed ispezioni in ambienti altrimenti non accessibili.
I Nuclei sommozzatori hanno in dotazione mezzi idonei al trasporto di personale e materiali e di battelli pneumatici che li rendono completamente indipendenti ed in grado di operare in autonomia in ogni parte del territorio nazionale.

^[1] I ROV  sono sistemi completamente mobili di telecamere subacquee che sono controllate dalla superficie e capace di rimanere sommersi a tempo indeterminato. Queste ROV sono ideali per una varietà di applicazioni, tra cui ispezioni condotte, fiume e le ricerche in oceano, indagini diga, piattaforme del petrolio e del gas e piattaforma di lavoro, l'allevamento ittico, e le operazioni di sicurezza interna, in caso di incidenti in mare, naufraghi, maremoti, inondazioni, ecc Essi possono ridurre drasticamente i tempi di ricerca, così come i rischi e i costi elevati associati alle operazioni subacquee. Equipaggiato con il RMD-1 metal detector telecomando del ROV diventa un sistema di ricerca di alta tecnologia in grado di localizzare armi, ordigni inesplosi, oleodotti, tesori sepolti, e altri oggetti metallici.